中学校のカリキュラムは、生徒たちが生きていく未来を展望し、
「真に役立つ人となるためには今なにを身につけるべきか」を起点として作られています。
キーワードは｢地球スケールで活躍できる人｣。有為な世界市民を育て上げるために、
多方向から一人ひとりの可能性を耕し、先進性を開発していきます。
今年度より、新たに高い進学目標を達成するために「Advanced Class」と「Regular Class」の2コース編成を導入しました。このクラス編成は入学時の学力（得点能力）を認め合い、受け入れることでそれぞれのスタートラインを認識し、そこから切磋琢磨することで全体的なレベルアップを図ります。
Advanced Class は「特待選抜入試」に合格した生徒で構成されます。主要教科に関して進度・深度ともにハイレベルな学習を行い、難関国公立大・医学部、難関私立大（早慶上理＋GIMARCH）進学を目指します。
Regular Class は「一般入試」に合格した生徒と「特待選抜入試」でスライド合格した生徒で構成されています。じっくり学ぶことを基本に、一人ひとりの理解力に配慮しながら指導を進め、志望大学に進学できる学力を養います。
このクラス編成と同時に2003年から行ってきた英語教育改革をより進化させ「英語経験者クラス」や、それに伴う「レベル別授業」「英語無学年クラス」を併用しながら生徒の学力が伸びる環境整備に力を注いでいます。
少人数教育を基本とする聖学院のモットーは、生徒一人ひとりの将来を見つめたきめ細やかな指導です。放課後や長期休暇の補習を適切に編成し、個々の目標達成や不得意科目の克服に努めた指導をおこなっています。
中学3年には50～60名を対象とする「中3夏期勉強合宿」を富士吉田で実施。集中して勉強できる環境を用意します。また、大学受験を想定して夏休みに行う講習「サマーセミナー」は中1・2が全員参加、中3からは希望者が受講。各学年に応じて設けたカリキュラムで計画的な実力の養成に取り組みます。
