設計コンセプトは「光と水と風のシンフォニー」。
近代的で優美な校舎が聖学院6年間の学び舎です。
美しさの中にも豊かな人間教育を実践していくための機能性と居住性を採り入れた空間づくりは、まさに「環境がヒトをつくる」というポリシーの象徴です。
のびのびと学び、成長するための明るく潤いある空間づくり
校舎の構造やイメージは、教育内容を体現するものであり、そこで過ごす人の心にも大きな影響を与えます。
設計コンセプトは、生徒たちが一日一日を気持ちよく過ごしながらのびのびと学び、成長していけるようにとの思いから生まれました。
建築素材も、光と水と風の影響をごく素直に受け容れ、時間とともに自然に変化していくコンクリート打放しを基本に、できうる限り天然素材にこだわり、内部にはガラスや温かな感触の木を多用して、明るく潤いのある豊かな空間を造り上げました。
四季を通じて美しい自然と出会えるまたとない環境のキャンパス
駒込キャンパスは、閑静な住宅街に囲まれ、緑の合間に由緒正しい古寺が並ぶ情緒豊かな場所にあります。
近くには、江戸初期に5代将軍徳川綱吉の側用人柳沢吉保が造成した「六義園」や、大正時代に英国人ジョサイア コンドル博士（鹿鳴館、ニコライ堂などを設計した建築家）が設計した「旧古河庭園」といった都内有数の名園があります。白い西洋風の建物にドイツの文豪ゲーテの著作や研究書など15万点もの資料を所蔵する「ゲーテ記念館」も近くです。
また、駒込駅から聖学院に続く道は「聖学院通り」と呼ばれ、地元の人々にも親しまれています。四季を通じて美しい自然との出会いが約束され、学びの場としてまたとない環境に恵まれています。
教室（本館）
全てのホームルーム教室は、80m2以上を確保し、陽光がたっぷり入る3・4階に位置しています。
床は無垢のフローリング、壁面には腰板を付け、居住性を重視した思いやりいっぱいの設計です。
新カリキュラムに基づいた授業を円滑に進められるように、最新設備を整えた特別教室も充実させ、少人数授業に対応した教室も完備しています。
講堂（本館）
柔らかな自然光が美しく差し込む講堂は、開口部に十字架をかたどったデザインを取り入れ、端正で重厚、かつ厳かな雰囲気に満ちています。
ここは厳粛な礼拝堂であり、また入学式や卒業式には喜ばしいセレモニーの会場ともなります。
966席の固定席に加え、スタッキングチェアーの設置が228席可能。最新の音響設備とスクリーン設備を整え、映画鑑賞会や音楽鑑賞会など、多目的に活用しています。
中央ラウンジ（本館2階）
新校舎で最も力を入れたことのひとつが、空間設計です。
生徒たちがゆったりと心穏やかな学校生活を送っていくうえで、広々としたゆとりある空間は重大な条件のひとつ。
そこで各階にラウンジを設け、ベンチを配し、随所に吹き抜けを造って豊かな空間を創出し、開放感にあふれた構造にしています。
ピロティ・光と水の広場（本館中央）
アプローチから正面階段を上ると、目前に開けるのは「光と水の広場」。新校舎の設計コンセプトである「光と水と風のシンフォニー」を表現し、本館の入り口に造られた『思索の泉』と橋をアレンジした水の流れは、キリスト教における命の水の象徴でもあります。
降り注ぐ光、渡る風、清らかな水の流れ――自然との共生を常に意識し、大切にする聖学院の姿勢を伝える空間です。
H.H.ガイホール（本館5階）
座席は階段状に229席。最新の機器を備えた大講義室として、また学年集会や修学旅行などの事前学習の場として活用していきます。座席に付いている折り畳み式メモ台は、Ａ３サイズが広げられるゆったりサイズ。
［ガイ・ホール］聖学院神学校設立代表者であるアメリカ人宣教師H.H.ガイ博士を記念し命名されました
パノラマコート（本館5階屋上）
駒込の町が一望の下に見渡せる本館屋上運動場には、テニスコート・バスケットコートとして利用できるように造られています。床には水はけに優れたゴムチップウレタン素材を使用。
食堂・食堂ラウンジ（本館地下1階）
図書館（中学棟地下1階）
英語AV教室（本館5階）
生物実験室（本館3階）
コンピュータ教室（本館3階）
家庭科実習室（本館 地下1階）
